Per molti anni persone interessate all’evoluzione si sono trovate, con cadenza biennale, in riunioni informali tenute di volta in volta in una sede diversa in Italia. Nel corso di una di queste riunioni è stato deciso di trasformare il gruppo spontaneo in un’istituzione più formale ed è stato indetto il Primo Congresso dei Biologi Evoluzionisti Italiani. Il congresso, svoltosi all’Università di Ferrara dal 24 al 26 agosto 2005, ha riunito quasi duecento ricercatori provenienti da diversi paesi a al suo termine un’assemblea costituente ha fondato la SIBE, Società Italiana di Biologia Evoluzionistica.

L'assemblea costituente ha quindi approvato lo statuto della società e ha eletto il suo primo Consiglio Direttivo, rimasto in carica per un anno. La società si è costituita legalmente con atto notarile il 15 settembre 2005. Il successo e la partecipazione numerosa ai congressi confermano che vari settori delle discipline evoluzionistiche si mantengono a livelli di eccellenza in Italia, nonostante la scarsità di investimenti che ha portato, fra tante altre conseguenze negative, ad una preoccupante fuga di cervelli verso istituzioni estere più ricche e meglio organizzate.

Nel 2006 la SIBE ha tradotto e distribuito il documento Evolution, Science and Society redatto dalle principali società scientifiche americane.
Nel 2007 la SIBE ha stipulato un protocollo di intesa con ANMS (Associazione Nazionali Musei Scientifici) e Pikaia (Portale dell’Evoluzione) per la divulgazione della biologia evoluzionistica.
Nel 2011, alcuni membri SIBE si sono ritrovati per scrivere il primo testo italiano di Biologia Evoluzionistica: 'Evoluzione. Modelli e Processi', curato da Marco Ferraguti and Carla Castellacci.
La SIBE partecipa regolarmente all’organizzazione di seminari, conferenze e workshop di tipo divulgativo in diverse città italiane (per esempio, Darwin Day, giornate con la scuola, ecc.).

La SIBE fa parte della FISV (Federazione Italiana di Scienze della Vita) e partecipa regolarmente ai suoi congressi.